Схема распрацоўкі і рашэнне поліпептыднага пептыднага ланцуга

І. Рэзюмэ
Пептыды - гэта асаблівыя макрамалекулы, паслядоўнасці якіх незвычайныя па сваіх хімічных і фізічных характарыстыках.Некаторыя пептыды цяжка сінтэзаваць, у той час як іншыя адносна лёгка сінтэзаваць, але цяжка ачысціць.Практычная праблема заключаецца ў тым, што большасць пептыдаў слаба растваральныя ў водных растворах, таму ў нашай ачыстцы адпаведную частку гідрафобнага пептыда трэба растварыць у неводных растваральніках. Такім чынам, гэтыя растваральнікі або буферы, верагодна, будуць сур'ёзна несумяшчальнымі з выкарыстаннем біялагічных эксперыментальных працэдур, так што тэхнічным спецыялістам строга забаронена выкарыстоўваць пептыды ў сваіх мэтах, так што наступныя аспекты распрацоўкі пептыдаў для даследчыкаў.

Схема распрацоўкі і рашэнне поліпептыднага пептыднага ланцуга
Па-другое, правільны выбар сінтэтычных складаных пептыдаў
1. Агульная даўжыня паслядоўнасцей са зніжанай рэгуляцыяй
Пептыды з менш чым 15 астаткамі лягчэй атрымаць, таму што памер пептыда павялічваецца, а чысціня сырога прадукту зніжаецца.Паколькі агульная даўжыня пептыднага ланцуга перавышае 20 астаткаў, дакладная колькасць прадукту з'яўляецца ключавой праблемай.У многіх эксперыментах лёгка атрымаць нечаканыя эфекты, знізіўшы астаткавы лік ніжэй за 20.
2. Паменшыць колькасць гідрафобных рэшткаў
Пептыды з вялікім перавагай гідрафобных рэшткаў, асабліва ў вобласці 7-12 рэшткаў ад C-канца, звычайна выклікаюць сінтэтычныя цяжкасці.Гэта разглядаецца як неадэкватная камбінацыя менавіта таму, што ў сінтэзе атрымліваецца аркуш з B-складкай.«У такіх выпадках можа быць карысна пераўтварыць больш за два станоўчых і адмоўных астаткаў або змясціць Gly або Pro у пептыд, каб разблакаваць пептыдную кампазіцыю».
3. Зніжэнне колькасці «цяжкіх» рэшткаў
«Існуе шэраг рэшткаў Cys, Met, Arg і Try, якія звычайна не лёгка сінтэзуюцца».Ser звычайна выкарыстоўваецца ў якасці неакісляльнай альтэрнатывы Cys.
Схема распрацоўкі і рашэнне поліпептыднага пептыднага ланцуга

Па-трэцяе, палепшыць правільны выбар растваральных у вадзе
1. Адрэгулюйце канец N або C
У адносінах да кіслых пептыдаў (гэта значыць адмоўна зараджаных пры pH 7), ацэтыляванне (N-канец ацэтылявання, C-канец заўсёды захоўвае свабодную карбаксільную групу) асабліва рэкамендуецца для павелічэння адмоўнага зарада.Аднак для асноўных пептыдаў (гэта значыць станоўча зараджаных пры рн 7) асабліва рэкамендуецца амінаванне (свабодная амінагрупа на N-канцы і амінаванне на С-канцы) для павелічэння станоўчага зарада.

2. Значна скараціць або падоўжыць паслядоўнасць

Некаторыя паслядоўнасці ўтрымліваюць вялікую колькасць гідрафобных амінакіслот, такіх як Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr і Ala і г.д. Калі гэтыя гідрафобныя рэшткі перавышаюць 50%, іх звычайна няпроста растварыць.Можа быць карысным падоўжыць паслядоўнасць для далейшага павелічэння станоўчага і адмоўнага полюсаў пептыда.Другі варыянт - паменшыць памер пептыднай ланцуга, каб павялічыць станоўчы і адмоўны полюсы шляхам паніжэння гідрафобных рэшткаў.Чым мацней станоўчыя і адмоўныя бакі пептыднай ланцуга, тым больш верагоднасць рэакцыі з вадой.
3. Пакладзеце ў вадараспушчальны астатак
Для некаторых пептыдных ланцугоў спалучэнне некаторых станоўчых і адмоўных амінакіслот можа палепшыць растваральнасць у вадзе.Наша кампанія рэкамендуе N-канец або C-канец кіслых пептыдаў спалучаць з Glu-Glu.Быў дадзены канец N або C асноўнага пептыда, а затым Lys-Lys.Калі зараджаная група не можа быць размешчана, Ser-Gly-Ser таксама можа быць размешчана ў N або C канцавой частцы.Аднак гэты падыход не працуе, калі бакі пептыднай ланцуга не могуць быць зменены.