Пептыды, якія пранікаюць у клетку, - гэта невялікія пептыды, якія лёгка пранікаюць праз клеткавую мембрану.Гэты клас малекул, асабліва CPP з функцыямі нацэльвання, абяцае эфектыўную дастаўку лекаў да клетак-мішэняў.
Таму даследаванні на ім маюць пэўнае медыцынскае значэнне.У гэтым даследаванні CPP з рознай трансмембраннай актыўнасцю вывучаліся на ўзроўні паслядоўнасці, спрабуючы высветліць фактары, якія ўплываюць на трансмембранную актыўнасць CPP, адрозненні ў паслядоўнасці паміж CPP з рознай актыўнасцю і NonCPP, а таксама прадставіць метад аналізу біялагічных паслядоўнасцей.
Паслядоўнасці CPPs і NonCPPs былі атрыманы з базы дадзеных CPPsite і розных літаратур, а трансмембранныя пептыды (HCPPs, MCPPs, LCPPs) з высокай, сярэдняй і нізкай трансмембраннай актыўнасцю былі вынятыя з паслядоўнасцей CPPs для стварэння набораў даных.На аснове гэтых набораў дадзеных былі праведзены наступныя даследаванні:
1. Склад амінакіслот і другаснай структуры розных актыўных CPP і NonCPP былі прааналізаваны з дапамогай ANOVA.Было выяўлена, што электрастатычнае і гідрафобнае ўзаемадзеянне амінакіслот гуляе важную ролю ў трансмембраннай актыўнасці CPP, а спіральная структура і выпадковае скручванне таксама ўплываюць на трансмембранную актыўнасць CPP.
2. На двухмернай плоскасці адлюстраваны фізіка-хімічныя ўласцівасці і даўжыні КПЗ з рознай актыўнасцю.Было выяўлена, што CPP і NonCPP з рознымі відамі дзейнасці могуць быць аб'яднаны па некаторых спецыяльных уласцівасцях, а HCPP, MCPP, LCPP і NonCPP былі падзелены на тры кластары, што паказвае іх адрозненні;
3. У гэтым артыкуле ўводзіцца паняцце фізічнага і хімічнага цэнтраіда біялагічнай паслядоўнасці, а рэшткі, якія складаюць паслядоўнасць, разглядаюцца як кропкі часціц, а паслядоўнасць абстрагуецца як сістэма часціц для даследавання.Гэты метад быў ужыты для аналізу CPP шляхам праецыравання CPP з рознымі відамі актыўнасці на трохмерную плоскасць метадам PCA, і было ўстаноўлена, што большасць CPP кластэрызуюцца разам, а некаторыя LCPP кластэрызуюцца разам з NonCPP.
Гэта даследаванне мае значэнне для распрацоўкі CPP і разумення адрозненняў у паслядоўнасці CPP з рознымі відамі дзейнасці.Акрамя таго, метад аналізу фізічнага і хімічнага цэнтраіда біялагічных паслядоўнасцей, уведзены ў гэтым артыкуле, таксама можа быць выкарыстаны для аналізу іншых біялагічных праблем.У той жа час яны могуць быць выкарыстаны ў якасці ўваходных параметраў для некаторых задач біялагічнай класіфікацыі і адыгрываюць ролю ў распазнаванні вобразаў.
Час публікацыі: 15 чэрвеня 2023 г